Основная причина – шаблон может быть любым, даже некорректным HTML. В DIV доставить незакрытым тег – и могут быть проблемы. А в скрипте может быть почти что угодно, его содержимое полностью игнорируется.

Кроме того, содержимое DIV браузер обрабатывает, создаёт DOM-узлы, добавляет их в документ, но там они совсем не нужны, это же шаблон.

Альтернативный вариант – поместить шаблон в комментарий <!-- ... -->, его содержимое можно получить при помощи node.data. Но у узла-комментария не может быть id, так что это менее удобно.