var arr = [1, 2, 3];

var arr2 = arr; // (*)
arr2[0] = 5;

alert( arr[0] );
alert( arr2[0] );

Код выведет 5 в обоих случаях, так как массив является объектом. В строке (*) в переменную arr2 копируется ссылка на него, а сам объект в памяти по-прежнему один, в нём отражаются изменения, внесенные через arr2 или arr.

В частности, сравнение arr2 == arr даст true.

Если нужно именно скопировать массив, то это можно сделать, например, так:

var arr2 = [];
for (var i = 0; i < arr.length; i++) arr2[i] = arr[i];